Nacido en Hospitalet de Llobregat pero natural de Gavá, ha desarrollado toda su carrera deportiva en el fútbol base del FC Barcelona, club en el que ingresó el 1 de julio de 1992, con sólo 10 años de edad, procedente de la peña barcelonista "Cinc Copes". Sin embargo, en septiembre de ese mismo año, sin apenas comenzar la temporada, se vio obligado a dejar el club, ya que su familia se trasladó a vivir a Tenerife durante tres años por motivos personales. En 1995 regresó a Barcelona y se reincorporó al club para jugar en diversos equipos de las categorías inferiores.

Debutó en el primer equipo en la temporada 2002-2003, en la que alternó sus actuaciones entre el Barcelona B y el primer equipo. Debutó en la Primera división española el 1 de septiembre de 2002 en el partido FC Barcelona 2-2 Atlético de Madrid. Con tan sólo 20 años defendió la portería del Barcelona en un total de 14 partidos de Liga, alternando la titularidad con el argentino Bonano, encajando un total de 15 goles. También disputó seis partidos de la Liga de Campeones, en los que encajó tan sólo tres goles. Esa temporada, sin embargo, no fue del todo agradable para Víctor: Louis Van Gaal, el mismo entrenador que le había dado la oportunidad de debutar en el primer equipo, estuvo a punto de expulsarlo del club. Después de haberse ganado la titularidad y haber sido titular en la Liga de Campeones, Van Gaal no sólo lo relegó al banquillo sino que lo obligó a volver a jugar en el filial, el Barcelona B, de la Segunda división B española. Valdés lo consideró una humillación y, no sólo no se presentó al partido del Barcelona B, sino que estuvo tres días sin aparecer en los entrenamientos. Sólo la intermediación del presidente Joan Gaspart, que confiaba en su potencial, evitó su marcha del club. A mitad de temporada Van Gaal fue cesado a causa de los malos resultados y su sucesor, Radomir Antić volvió a confiar a Valdés la titularidad.

La temporada siguiente, la 2003-2004, empezó alternando la titularidad con el turco Rüştü Reçber, aunque acabó la temporada como titular, gracias a la confianza depositada por el técnico Frank Rijkaard y a las malas actuaciones del portero turco.